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SIATER说 | IT+BT技术解码生命奥秘,陈实富博士探索精准医学

时间:2020-12-17  来源:文宣办 文本大小:【 |  | 】  【打印

  【“SIATER说”是SIATER们共同耕耘的精神园地,分设“科研篇”“教育篇”“创业篇”“科普篇”等多个维度,全方位展示院友的科技见解、精神生活以及人生旅途中的思考。在这里,也欢迎在各条战线上努力奋斗的深圳先进院的院友们,前来分享各自的经历与感悟,共同为粤港澳大湾区的建设提供智力支持。欢迎大家提供线索,共同传播。】 

  2010年,在获得中科院计算技术研究所和深圳先进技术研究院联合培养的计算机硕士学位后,陈实富开始到NVIDIA(英伟达)公司工作。NVIDIA是全球AIGPU领袖企业,在此之前,陈实富曾获得NVIDIA举办的全国GPU编程竞赛一等奖。2014年,他与同学许明炎、方文和温媛几个高中同班同学一道,联合创办了深圳市海普洛斯生物科技有限公司。 

  当问及为何会放弃外企优渥的待遇,而选择创业这条充满艰险和挑战的人生道路呢,陈实富答道:“我想离生命科技更近一点,单纯的IT技术虽然可以带来很好的收入,但是离我个人为生命而创新的梦想有一点远。所以,在我看到了ITBT融合的巨大前景时,我果断选择了接受新的挑战,那就是使用最先进的IT技术,去解决生物探索和精准医学中的前沿问题。” 

   IT“学霸”获得外企的青睐 

  2007年初,陈实富考取了中科院计算所和深圳先进院联合培养的硕士,并在20074月就到深圳先进院开始实习,那时深圳先进院的办公地点还是在蛇口医疗器械产业园。2009年,陈实富在解放军总医院实习了一年,主要研究医学信息技术。在研究生期间,他用GPU计算给一些医学影像分析算法加速了15倍以上。 

  GPU最初是给显卡做图形计算的微处理器,主要用于图形计算渲染,用GPU编程是一项很难的工作。发明GPU的企业NVIDIA2009年举办了全国GPU编程大赛,陈实富一举夺得了大赛一等奖,后面也因此加入了英伟达。陈实富说:“英伟达真是一家非常优秀的企业,不但待遇极好,而且很人性化。在这里我遇到不少极为优秀的同事,他们都是极客之类的技术高手。” 

  触及生命中最柔软的部分。”他说道。他经常与在美国的高中同学许明炎在线交流,感受到了基因测序和生命科学巨大的吸引力。而更让他感到兴奋的是,生命科学行业已经迎来了数据爆炸的时代,对基因大数据的分析解读越来越重要,而这依赖的,恰恰是他最为擅长的算法设计和分析技术。而他的同学许明炎,在美国新墨西哥大学取得生物医学博士学位,是基因测序技术的专家。两人方向互补,一拍即合,开始谋划共同创业。 

  2013年,陈实富重新回到深圳先进院攻读博士,导师是年轻的海归辜嘉博士。次年7月,许明炎夫妇回国,几个志同道合的同学,便于8月于深圳创立了海普洛斯。 

  将创业梦想付诸实践 

  20148月,深圳市海普洛斯生物科技有限公司宣告成立,选址于深圳超算中心100多平方米的小场地,许明炎为首席执行官,他为首席技术官。当年12月,海普洛斯便获得磐谷创投给与的1000万天使投资,让他们可以开始研发自己的基因检测和分析专利技术。 

  20152月,美国时任总统奥巴马提出精准医疗,同时,液体活检技术被MIT Technology Review杂志评为“2015年十大突破技术”。一时间,国内处处都在谈精准医疗和液体活检,投资界也开始火热。 

  20157月,海普洛斯携手深圳市人民医院联合启动“癌症基因测序计划”。发起该计划的目的有二,其一旨在实现10000人的癌症早期筛查、预后监测及个体化用药指导;其二为建立中国首个大型癌症基因数据库,为实现精准医疗奠定基础。 

  陈实富透露:“这个计划我们早几年就实现了,现在,我们制订了新的目标,海普洛斯正在推进‘肠康计划’和‘绿肺计划’,要积累10万人肺癌、10万人肠癌的基因数据库,尽可能多地获取基因突变的图谱,通过数据挖掘找到中国人特有的基金突变机理,才能指导精准医疗。”肠癌和肺癌是全球五大癌种之二,相关数据和研究较为丰富,覆盖的靶向药物也比较多,但已有的数据库大多是西方发达国家以白种人做的基因数据库,中国人自己的肿瘤基因数据库建设势在必行。海普洛斯正与中山大学肿瘤防治中心、中国医学科学院肿瘤医院等三甲医院合作,持续不断地推进这些癌症的精准诊疗。 

  用新技术给肿瘤患者带来福音 

  20201030日下午,陈实富在接受小钜采访的时候,讲述了一个真实的故事,他的眼睛里闪着动人的光芒:“2015年我接到上海长征医院一位医生朋友的求助,说他有一名年仅20岁的患者,脖子上长了一个直径14cm的肉瘤,并且已经发生转移,化疗无效,疾病持续恶化。这个患者已经做了基因测序,但是当时的检测公司没有找到合适的靶点,想问问我能不能再帮着分析患者的数据。我在了解情况后,发现目前没有很好的软件进行类似分析,于是,在5天时间内重新开发了一款软件。后面,新软件发现了一个CARS-ALK基因融合,这个融合很罕见,但却与肺癌的ALK基因融合有相似之处 ,于是推荐肺癌治疗的药物克唑替尼。后面,这个药物的疗效非常之好,用药后肿瘤不断缩小,后来甚至有条件为原发灶和转移灶做了根治手术。现在,已经5年了,患者至今还健康地活着,并且也成为了一名医生。你看,通过生物信息学算法的挖掘,确实可以挽救肿瘤病人的生命,能实实在在地帮助到他人的,这是多么有意义的事情啊!” 

  陈实富是从IT界入行的,所以他拥有强烈的开源情怀,他喜欢把软件和代码免费进行开放,与他人分享,想通过帮助同行的方式来帮助更多的患者。他发起了开源的OpenGene组织,发布了十多款生物信息软件,免费给需要做测序数据分析的科研机构和企业用。现在,他的软件已经被下载了几十万次,包括哈佛、美国癌症中心、MIT等单位都有他软件的忠实用户。例如,2018年,陈实富在 Bioinformatics发表的软件fastp,至今已被引用800多次(Google Scholar数据),在学术界引起广泛的影响。 

  如今,海普洛斯拥有一支由基因组学、医学、分子生物学、生物信息学、大数据挖掘和机器学习等多个领域的科技人才组成的200余人的团队,聚焦肿瘤精准治疗,在基因测序、液体活检、生物信息和大数据等领域具有独特的技术优势,基因测序通量位居全球第二,已经形成了多中心、全球化的布局。 

  积极投身抗击新冠疫情 

  陈实富介绍,在这次的抗疫行动中,海普洛斯积极参与,不仅迅速推出了新型冠状病毒核酸检测试剂盒,而且承担了深圳福田、龙岗等多个区的新冠筛查任务。海普洛斯旗下2家医检所——深圳海普洛斯医学检验实验室、江西海普洛斯医学检验实验室,曾多次双满分通过新冠病毒核酸检测室间质评。 

  随着国内疫情防控转入常态化要求,广东省5月防控实施意见要求特定人群“应检尽检”、普通人群“愿检尽检”,但这带来了一个采样信息录入和管理的瓶颈。因此海普洛斯采切合采样和检测的实际需求,开发了一款采样信息管理系统HCOVIS,该系统可以提高3倍的采样速度,极大地提高了采样和检测的通量。“那段时间,我们每个员工身穿防护服冲在检测的第一线,最忙的时候,我曾每天到晚上3点,一个星期没有回过家,而那时我的女儿才出生刚半个月。最近,我们保持平均每天检测两三千例的速度,而在盒马生鲜阳性事件的应急筛查中,我们两天内就检测了7万多例。” 

  他有一张国字型脸,显得正直且正义。“我们都身边常常听到某个亲友因癌症而去世,这样的悲剧不断地上演,今天我们能够用分子诊断技术,帮助更多的患者和家庭,服务更多药企和医院。虽然这些并不容易,我相信所做的这些努力都是值得的。”他每天保持高效率的工作状态,步伐总是矫健而匆忙。 

  伟大的创业都源于伟大的梦想,而且小钜坚信:一个为梦想而战的人,舍弃的只是安逸的生活,获得的却是无悔的人生。 

  人物简介 

  陈实富,曾在深圳先进院医工所攻读博士学位,2014年参与创办深圳市海普洛斯生物科技有限公司,现任海普洛斯联合创始人兼首席技术官。海普洛斯是液体活检领域全国首家国家高新技术企业,曾获得深创投、软银中国、磐谷创投等著名机构总计数亿元投资,曾获得2015年“创业之星”企业成长组亚军、“最受投资追捧奖”、2017首届华中医疗健康产业创新创业大赛冠军、2018粤港澳大湾区新经济企业TOP1002019粤港澳大湾区生物科技创新企业50强,以及2020年第九届中国创新创业大赛深圳赛区一等奖。拥有国内和国际发明专利70余项,主持和参加的重要科研项目获得国家省市项目资助数千万元。陈实富本人也获得2019年深圳市青年科技奖。 

 

陈实富博士

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